Mit avconv (unter ubuntu ehemals ffmpeg) kann man allerhand Videos konvertieren. Um nur den Container zu verändern ohne den Codec zu ändern, muss ledglich folgendes gemacht werden:
avconv -i input.mkv -c:v copy -c:a copy output.mp4
-c:v copy bedeutet dabei dass der Videocodec direkt kopiert werden soll (entsprechendes für -c:a für die Audio Spur)
Sollte input.mkv über mehr als eine Audiospur verfügen, so wird standardmäßig nur die erste Spur kopiert. Weitere Spuren lassen sich mit dem -map Befehl kopieren, z.B.:
avconv -i input.mkv -map 0:0 -map 0:1 -map 0:2 -c:v copy -c:a copy output.mp4
In dem Fall ist 0:0 die Videospur, 0:1 Audio 1 und 0:2 Audio 2 jeweils mit -map.
Um das ganze eventuell dann auch noch umzukonvertieren kann natürlich auch der codec geändert werden, am besten h264:
avconv -i input.avi -c:v libx264 -c:a copy -map 0:0 -map 0:1 -map 0:2 output.mp4
Falls libx264 nicht vorhanden ist:
sudo apt-get install libavcodec-extra-53